Pôvodne ju postavili Portugalci a pápež Pavol IV. ju v roku 1558 povýšil na katedrálu. Holandskí dobyvatelia, ktorí zničili mnohé katolícke stavby ju ušetrili. Neskôr Briti stavbu zbúrali a João Gomes Ferreira si v roku 1887 objednal novú budovu. Santa Cruz bola vysvätená v roku 1905 a v roku 1984 bola vyhlásená za baziliku pápežom Jánom Pavlom II.